Qin, Shanshan2024年最新论文：一种利用多组学数据发现癌症睾丸抗原的新型高通量筛选方法
论论资讯 ｜ 2024-04-29 ｜
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Computer Methods and Programs in Biomedicine
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A new high-throughput screening methodology for the discovery of cancer-testis antigen using multi-omics data
Li Dandan; Xia Lingyun; Zhang Xiangang; Liu Yue; Wang Zidi; Guo Qiwei; Huang Pan; Leng Weidong; Qin Shanshan
Published：2024-04-25
DOI：10.1016/j.cmpb.2024.108193
研究背景
在当今社会，癌症一直是备受关注的话题。研究人员一直在寻找更有效的治疗方法，而癌-睾丸抗原（CTAs）作为肿瘤特异性抗原，展现出很高的免疫原性，被认为是免疫疗法和癌症疫苗的潜在靶点。然而，如何高效地发现这些抗原一直是一个挑战。
研究内容
这项研究提出了一种新的综合高通量筛选方法，通过结合DNA甲基化和RNA测序数据，以解决CTAs的发现问题。研究通过多组学分析确定了转录水平增加和DNA甲基化降低的基因。同时，通过细胞系暴露于DNA甲基转移酶（DNMT）抑制剂的RNA测序研究，验证了DNA去甲基化与基因表达上调之间的因果关系。
研究意义
这项研究提出了一种新的高通量筛选方法，用于识别癌-睾丸抗原，并以胃癌为例验证了该方法的可行性。在胃癌中，研究人员鉴定了2000多个主要候选CTAs，并最终确定了20个具有显著组织特异性的CTAs，包括睾丸特异性丝氨酸蛋白酶TESSP1/PRSS41。综合分析证实，PRSS41表达在胃肠癌中因启动子DNA去甲基化而重新激活。此外，PRSS41的DNA去甲基化预示了胃癌的不良预后。
结论：
这项研究提出了一种新的高通量筛选方法，用于癌症CTAs的识别，并验证了其有效性。研究强调，丝氨酸蛋白酶PRSS41是一种新型的肿瘤特异性抗原，由于启动子DNA去甲基化而在胃癌中重新激活。这项工作为我们深入了解癌症的免疫治疗提供了新的视角。
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