重庆医科大学最新研究：ADAMTS前胶原N-丙肽酶基因家族作为与预后、肿瘤免疫微环境、信号通路和药物敏感性相关的新型生物标志物的多组学泛癌分析
论论资讯 ｜ 2024-04-29 ｜
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Multi-Omics Pan-Cancer Analysis of Procollagen N-Propeptidase Gene Family of ADAMTS as Novel Biomarkers to Associate with Prognosis, Tumor Immune Microenvironment, Signaling Pathways, and Drug Sensitivities
Chen Yuxing; Xiao Chaoyu; Fan Qingxin; Zhang Ye; Huang Qiu; Ou Yunsheng
Published：2024-04-12
DOI：10.31083/j.fbl2904151
研究背景
在肿瘤的发展过程中，细胞外基质（ECM）的建模是至关重要的特征。以往的研究主要集中在两个亚组的金属蛋白酶：基质金属蛋白酶（MMPs）和a脱粒蛋白酶和金属蛋白酶（ADAMs）在肿瘤中的功能。另一个重要的蛋白酶群体：具有血栓斑块结合结构域（ADAMTS）的作用仍不清楚。这项研究旨在对ADAMTS的前胶原N-前肽酶亚组（PNPSA）进行全癌症分析。
研究内容
我们系统地分析了PNPSA在全癌症中的表达情况、基因组变异、预后价值和细胞表达簇，基于多个整合的开放数据库。此外，我们还分析了PNPSA成员的表达和基因组变异对全癌症中肿瘤免疫微环境（TIME）和免疫相关分子的影响，基于免疫相关的开放数据库。我们进行了基因集变异分析（GSVA）以评估整个PNPSA与预后、肿瘤指标、TIME和药物敏感性的关联。同时，我们还进行了京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析，揭示相关的信号通路。最后，我们使用免疫组织化学染色验证了差异分析结果。
研究意义
我们发现PNPSA成员在全癌症中具有双重预后作用，并且与TIME和免疫相关分子显著相关。有趣的是，所有PNPSA成员的拷贝数变异（CNVs）在大多数癌症中与NK细胞浸润呈负相关。单细胞测序分析显示，除了成纤维细胞外，PNPSA基因家族成员在一些特定的肿瘤和免疫细胞上表达。GSVA分数在脑下级胶质瘤（LGG）、间皮瘤（MESO）和葡萄膜黑色素瘤（UVM）中对生存状态具有一定的预测价值，并且与肿瘤发生相关的途径（如PI3K-Akt、AGE-RAGE等）显著相关。GSVA分数还在一些肿瘤中对化疗和免疫疗效具有一定的预测价值。
结论：
PNPSA与肿瘤发展相关，可能是潜在的肿瘤生物标志物和治疗靶点。这项研究为揭示肿瘤发展提供了新的线索，有望为肿瘤治疗领域带来新的突破。
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