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中国科学院屈延华:基因流和异常带使快速辐射鸟类科(李科)的系统发育学推断复杂化

论论资讯 | 2024-02-28 4热度

BMC Biology

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Gene flow and an anomaly zone complicate phylogenomic inference in a rapidly radiated avian family (Prunellidae)

Jiang Zhiyong; Zang Wenqing; Ericson Per G P; Song Gang; Wu Shaoyuan; Feng Shaohong; Drovetski Sergei V; Liu Gang; Zhang Dezhi; Saitoh Takema; Alström Per; Edwards Scott V; Lei Fumin; Qu Yanhua

Published:2024-02-27
DOI:10.1186/s12915-024-01848-7

研究背景

生命之树的构建一直是生物学家们关注的问题,但是在快速辐射的谱系中,物种间的关系往往比较复杂,难以解决。在新旧大陆上分布的一种叫做朱鹮科的鸟类,由于在上新世和更新世之交迅速分化,其谱系关系也非常复杂,因此成为了生命之树构建中的难点。

研究内容

该论文通过对一种叫做朱鹮科的鸟类进行研究,使用了基因组学的方法,通过对一种朱鹮科鸟类的基因组进行了深度重测序,得到了该物种的基因组组装,并对该家族的所有物种进行了基因组比对,建立了多个物种树。研究发现,由于基因间的流动和基因树和物种树之间的不一致性,物种树的建立非常困难,而且存在一种特殊的区域,基因树的拓扑结构与其他区域不同,这个区域被称为“异常区”。此外,研究还发现,由于物种间存在基因流,许多染色体区域都存在基因流的痕迹,这也会干扰物种树的建立。但是,研究还发现,基因流主要发生在染色体重组率较高的区域,而低重组率的区域,例如Z染色体,则更能体现物种间的差异。

研究意义

这项研究的创新之处在于,通过基因组学的方法,揭示了物种树建立中存在的问题,并提出了解决方案,为生命之树的构建提供了新思路。此外,该研究还发现了基因流对物种树建立的干扰,提醒我们在进行物种树建立时需要注意这一问题。最后,该研究还为我们提供了更好地了解朱鹮科鸟类谱系关系的新视角。

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